وهو المجهر الذي يعتمد على تركيز واطلاق حزمة من الالكترونات نحو العينة المدروسة بدلا من شعاع الضوء، ومن ثم يتم تسجيل ورسم الصورة عبر لوح خاص لتظهر صورة دقيقة ومكبرة جدا للعينة المدروسة،يوجد أنواع كثيرة من المجاهر الالكترونية ويصل قدرة تكبيرها الى مئات ألوف المرات من حجم العينة الطبيعية.