يقصد بهذا المصطلح مجمل أنواع البكتيريا التي تعيش في جسم الانسان في داخل الأمعاء وعلى سطح الجلد وهي انواع كثيرة جدا وتؤثر تقريبا على كل العمليات الحيوية والفيزيولوجية في جسم الانسان وتساعده على أن يكون في صحة جيدة وفي استقلاب طعامه وصناعة بعض الفيتامينات،كثير من الأمراض تحدث بسبب خلل في توازن هذه البكتيريا، في وقتنا هذا هو موضوع لأهم الأبحاث الطبية حيث لهذه البكتيريا علاقة فعلية ومباشرة بالسمنة والربو والصحة النفسية والأورام وبقية الأمراض.