يقصد بها أن تصبح البكتيريا الممرضة مقاومة لأدوية المضادات الحيوية المستعملة تجاهها، وذلك أصبح واضحاً اليوم بسبب الاستخدام العشوائي لتلك المضادات دون أن تكون هناك حاجة ملحة لها أو عدم استخدام هذه الصادات بكامل فترة العلاج، مما جعل أنواعاً من البكتيريا تحور مادتها الوراثية بشكل تقاوم فيه هذه الأدوية. من أهم البكتيريا التي تظهر مقاومة بكتيرية هي بكتيريا العصيات الزرقاء، وبكتيريا المكورات الرئوية، وكذلك بعض أنواع العقديات.